Все страницы хранятся в папке сontent/, а дизайн в папке template/. Изображения предполагается хранить в папке i/.
Если хочется добавить функции, то дописывайте их в func.inc.php. А также можно добавлять настройки в config.inc.php.
И конечно важнейшие файлы: основной индексный файл index.php и специальный файл для конфигурации сервера .htaccess.
admin/ # папка с файлами админки
content/index.inc.php # файлы контента
content/install.inc.php
content/config.inc.php
content/folder/file.inc.php # также могут быть папки разделов с файлами контента
...
i/ # папка с изображениямм
js/ # папка со скриптами
files/ # папка с файлами
template/blocks.inc.php # все контентные блоки сайта
template/design.inc.php # шаблон дизайна (может быть несколько)
template/menu.inc.php # все меню сайта
template/email/form.inc.php # форма обратной связи
template/email/feedback.inc.php # шаблон письма, приходящего при отправке формы
.htaccess # служебный файл
config.inc.php # файл конфигурации
func.inc.php # библиотека функций
index.php # главный файл
Если вы хотите, чтобы файл был доступен в браузере напрямую, то давайте ему расширение *.php. Иначе *.inc.php.